原因は下記3点が考えられます。
目次のリンクをクリックしたとき、対象の見出しが画面の上端に重なって見えない（ヘッダーの後ろに隠れる）場合は、スクロールオフセットを設定してください。
設定方法
アプリの設定ページを開く
「スクロールオフセット」欄に固定ヘッダーの高さ（px）を入力する（例：ヘッダーが80pxの場合、
80と入力）「保存」する
スクロールオフセットは正の値を入力すると見出しの表示位置が下がり（ヘッダー分の余白を確保）、負の値を入力すると上がります。
大変申し訳ありません。現状のアプリの仕様では解決できません。
「Lazy Load」を停止してもらうか、遷移位置のズレを許容していただく必要があります。
対応できる場合がありますので、アプリ内よりお問い合わせください。
対応する際に、Shopifyストアへのアクセス権限をリクエストする場合がございますので、ご理解ください。